Quando houve uma enchente no Rio Tietê, no começo do ano de 1934 que interditou o Campo de Marte por seis meses, a Vasp pediu ao governador de São Paulo que adquirisse outra área para poder operar seus aviões "De Havilland Monospar". Nessa época ela era controlada pelo estado de São Paulo
Uma grande área no Parque de Congonhas foi cogitada. A "Empresa Auto-Estradas", proprietária das terras, estava interressada em lucrar com a escolha de seu terreno. Por isso, além de fazer lobby junto ao governo estadual, ela realizou uma festa aviatória em seu terreno para a população no dia 12 de abril de 1936.
Depois de uma longa pendência em relação ao preço do terreno, finalmente foi adquirido um grande lote de 800.000 m² para a construção do novo aeroporto, com duas pistas de pouso, que no início foi chamado de Aeroporto de São Paulo.
Com o aumento no tráfego aéreo após a II Guerra Mundial, Congonhas não suportava mais o pouso constante de grandes aviões que passaram a operar a partir da Base Aérea de São Paulo em Guarulhos.
O Departamento Aeroviário de São Paulo (DAESP, órgão estadual) passou a administrar o novo aeroporto investindo constantemente na ampliação de sua infra-estrutura para fazer face ao aumento do tráfego que refletia o crescimento da própria cidade.
Em 1971 houve um acordo de transição entre o DAESP e a INFRAERO para dividir as despesas e receitas e também os custos de investimentos nas obras. A partir de 1981 a INFRAERO assumiu sozinha o desafio de gerenciá-lo.
Nos anos noventa, com o objetivo de restringir suas operações aos jatinhos e vôos comerciais, houve a transferência dos vôos de aeronaves à pistão e pequenos turbo-hélices para o Aeroporto do Campo de Marte. Parece até que a História foi invertida: devolveram os vôos para Marte!
Congonhas hoje é, em número de pousos e decolagens, o maior do Brasil e um dos mais movimentados do mundo.